project@cpm.moscow
Подписаться на новости
Я соглашаюсь с тем, что владелец сайта использует файлы cookie для повышения удобства работы на сайте, сервис Яндекс.Метрика. Оставаясь на сайте, я соглашаюсь с политикой их применения.
OK
осенняя выездная школа
Био
информатика
Применим искусственный интеллект для работы с геномными данными, проанализируем метагеном, вычислим молекулярную динамику и пространственную структуру белка.
Программа
Филогенетические деревья
Центральная догма молекулярной биологии
Обработка данных NGS
ПРЕПОДАВАТЕЛИ НАПРАВЛЕНИЯ
Дмитрий Супонин
  • студент РНИМУ им. Н. И. Пирогова по профилю «биоинформатика»
  • научный сотрудник компании Синтол
  • руководитель студенческого научного кружка кафедры биоинформатики РНИМУ им. Н.И. Пирогова
Победитель хакатонов и олимпиад по генной инженерии, ведущий курсов по биоинформатике и генетическим технологиям на базе ВУЗов Москвы и Санкт-Петербурга.
Научные интересы:
  • методы секвенирования ДНК
  • молекулярная динамика 
  • искусственный интеллект в задачах биологии и медицины
Андрей Савочкин
  • студент РНИМУ им. Н. И. Пирогова по профилю «биоинформатика»
  • научный сотрудник ИФАВ РАН
Научные интересы:
  • математическое моделирование
  • модели машинного обучения
  • нейробиология
АКАДЕМИЧЕСКАЯ ПРОГРАММА
25 октября
суббота
Входное тестирование.

Введение в биоинформатику. Научные методы, базы данных, элементы статистики.
26 октября
воскресенье
Элементы молекулярной биологии. Центральная догма молекулярной биологии, её связь с омиксами. Биохимия ДНК, РНК и белков.

Методы молекулярной биотехнологии. Технологии секвенирования ДНК и связанные методы.

Практикум по работе с программной средой. Работа на сервере с ОС Linux, практикум на Python. Работа в терминале, conda, bash, пайплайны, Docker. Решение задач на языке python.
27 октября
понедельник
Алгоритмы выравнивания и сборка de novo. Филогенетические деревья. Выравнивание прочтений и его связь с филогенетикой, алгоритмы сборки генома de novo и метрики качества. BLAST.

Обработка данных NGS. Мастер-класс по обработке данных секвенирования по Сэнгеру. Бейзколлинг данных секвенирования по Сэнгеру, визуализация и анализ в Ugene.

Дизайн эксперимента в биоинформатике. Обсуждение проектов. Возможные задачи в сфере биоинформатики, подходы к их решению.
28 октября
вторник
Анализ вариантов. Процесс поиска, фильтрации и аннотации вариантов (SNP/Indel), тематические базы данных, особенности анализа вариантов в клинической практике и при работе с организмами с различными геномными наборами. Практикум по анализу вариантов.

Омиксные технологии. Некоторые аспекты анализа протеома и метаболома.

Введение в ИИ, классические методы ML. Практикум по применению классических методов ML.

Глубокое обучение. Современные архитектуры нейросетей и сферы их применения.
29 октября
среда
Нейросети в биоинформатике. Практикум по использованию нейросетей в биоинформатике.

Элементы физической химии. Введение в термодинамику, рассмотрение ключевых терминов и законов.

Молекулярный докинг. Введение в метод, сфера его применения, макромолекулярный докинг. Рассмотрение классических и нейросетевых инструментов.
30 октября
четверг
Фолдинг белка. Введение в фолдинг, проблема вычисления пространственных структур белка, классические и современные методы. AlphaFold.

Молекулярная динамика. Родходы к вычислению. GROMACS.

Компьютерное конструирование лекарств. Введение в хемоинформатику, рассмотрение основных подходов к in silico разработке фармпрепаратов.

Практикум по методам структурной биоинформатики.
31 октября
пятница
Путь молодого ученого. Стартапы, гранты, олимпиады, хакатоны, работа в науке.

Защита проекта.
1 ноября
суббота
Отъезд