Подписаться на новости
project@cpm.moscow
Я соглашаюсь с тем, что владелец сайта использует файлы cookie для повышения удобства работы на сайте, сервис Яндекс.Метрика. Оставаясь на сайте, я соглашаюсь с политикой их применения.
OK
осенняя выездная школа
Био
информатика
Применим искусственный интеллект для работы с геномными данными, проанализируем метагеном, вычислим молекулярную динамику и пространственную структуру белка.
Регистрация закрыта
Здесь была регистрация на осеннюю научную школу 2025. Происходит проверка отборочных заданий.
Программа
Филогенетические деревья
Центральная догма молекулярной биологии
Обработка данных NGS
ПРЕПОДАВАТЕЛИ НАПРАВЛЕНИЯ
Дмитрий Супонин
  • студент РНИМУ им. Н. И. Пирогова по профилю «биоинформатика»
  • научный сотрудник компании Синтол
  • руководитель студенческого научного кружка кафедры биоинформатики РНИМУ им. Н.И. Пирогова
Победитель хакатонов и олимпиад по генной инженерии, ведущий курсов по биоинформатике и генетическим технологиям на базе ВУЗов Москвы и Санкт-Петербурга.
Научные интересы:
  • методы секвенирования ДНК
  • молекулярная динамика 
  • искусственный интеллект в задачах биологии и медицины
Андрей Савочкин
  • студент РНИМУ им. Н. И. Пирогова по профилю «биоинформатика»
  • научный сотрудник ИФАВ РАН
Научные интересы:
  • математическое моделирование
  • модели машинного обучения
  • нейробиология
АКАДЕМИЧЕСКАЯ ПРОГРАММА
25 октября
суббота
Входное тестирование.

Введение в биоинформатику. Научные методы, базы данных, элементы статистики.
26 октября
воскресенье
Элементы молекулярной биологии. Центральная догма молекулярной биологии, её связь с омиксами. Биохимия ДНК, РНК и белков.

Методы молекулярной биотехнологии. Технологии секвенирования ДНК и связанные методы.

Практикум по работе с программной средой. Работа на сервере с ОС Linux, практикум на Python. Работа в терминале, conda, bash, пайплайны, Docker. Решение задач на языке python.
27 октября
понедельник
Алгоритмы выравнивания и сборка de novo. Филогенетические деревья. Выравнивание прочтений и его связь с филогенетикой, алгоритмы сборки генома de novo и метрики качества. BLAST.

Обработка данных NGS. Мастер-класс по обработке данных секвенирования по Сэнгеру. Бейзколлинг данных секвенирования по Сэнгеру, визуализация и анализ в Ugene.

Дизайн эксперимента в биоинформатике. Обсуждение проектов. Возможные задачи в сфере биоинформатики, подходы к их решению.
28 октября
вторник
Анализ вариантов. Процесс поиска, фильтрации и аннотации вариантов (SNP/Indel), тематические базы данных, особенности анализа вариантов в клинической практике и при работе с организмами с различными геномными наборами. Практикум по анализу вариантов.

Омиксные технологии. Некоторые аспекты анализа протеома и метаболома.

Введение в ИИ, классические методы ML. Практикум по применению классических методов ML.

Глубокое обучение. Современные архитектуры нейросетей и сферы их применения.
29 октября
среда
Нейросети в биоинформатике. Практикум по использованию нейросетей в биоинформатике.

Элементы физической химии. Введение в термодинамику, рассмотрение ключевых терминов и законов.

Молекулярный докинг. Введение в метод, сфера его применения, макромолекулярный докинг. Рассмотрение классических и нейросетевых инструментов.
30 октября
четверг
Фолдинг белка. Введение в фолдинг, проблема вычисления пространственных структур белка, классические и современные методы. AlphaFold.

Молекулярная динамика. Родходы к вычислению. GROMACS.

Компьютерное конструирование лекарств. Введение в хемоинформатику, рассмотрение основных подходов к in silico разработке фармпрепаратов.

Практикум по методам структурной биоинформатики.
31 октября
пятница
Путь молодого ученого. Стартапы, гранты, олимпиады, хакатоны, работа в науке.

Защита проекта.
1 ноября
суббота
Отъезд